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掃描電鏡對于樣品具有一定的要求：
1. 樣品要盡可能干燥，若樣品中含有水份，水分揮發會造成倉內真空度急劇下降，導致圖像漂移，有白色條紋，甚至會影響燈絲壽命；
2. 熱穩定性好，熱穩定性差的樣品往往在電子束的轟擊下分解，釋放氣體和其他物質，污染電鏡；
3. 導電性好，導電性差的樣品會發生荷電效應，造成圖像畸變，亮點亮線，像散等；
4. 不含強磁性，強磁性的樣品觀察一般會出現嚴重的像散，無法消去，磁性粉末如果粘的不牢固還可能會吸附到探頭上，損害電鏡。
生物樣品具有含水量高、質地柔軟、導電性差、容易變形等特點，因此采用掃描電鏡觀察生物樣品時，必須對樣品進行必要的處理。
生物樣品通常指的是動物的體液、肌肉、毛發和一些組織器官，植物的根、莖、葉、果實等，以及各類微生物（細菌、真菌等）。生物樣品的含水量高，一般為70%-80%，只有少數的樣品，如一些花粉、毛發等可以直接放入掃描電鏡中觀察，大部分生物樣品需要經過脫水干燥處理后才能進行觀察。
生物樣品制備的關鍵步驟是干燥，應盡量減少因水分蒸發導致的形變。大多數動植物， 特別是柔軟的細胞和組織，在干燥時由于體積應力和表面張力的作用，容易發生明顯的塌陷和變形，造成形貌失真。
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