飛納掃描電鏡能夠提供高分辨率，其分辨率可以達到幾個埃甚至更高。這主要得益于其能夠產生極細的電子束以及電子光學系統和信號檢測技術。高分辨率使得掃描電鏡能夠清晰地觀察到樣品表面的微小細節，如納米級別的顆粒、微納結構的表面形貌等，為材料科學、生物學、物理學等領域的研究提供了有力的工具，有助于揭示材料的微觀結構和性能之間的關系。
掃描電鏡具有較大的景深，這意味著即使在觀察具有一定粗糙度或高低起伏的樣品表面時，也能夠保持整個觀察區域清晰成像。相比之下，光學顯微鏡的景深較小，在觀察表面不平整的樣品時，往往會出現部分區域模糊不清的情況。掃描電鏡的大景深特點使其特別適合于觀察各種復雜形狀和表面形態的樣品，如生物組織的切片、多孔材料、集成電路芯片等，能夠展示樣品的表面特征，而不會因為景深限制而丟失細節信息。
與透射電鏡(TEM)不同，飛納掃描電鏡不需要將樣品制備成非常薄的切片或薄膜，可以直接觀察大塊的材料樣品。這是因為掃描電鏡主要是通過檢測樣品表面的信號來成像，而不是像透射電鏡那樣依賴電子透過樣品。這一優點使得掃描電鏡在研究各種實際材料和應用方面具有更大的靈活性，例如可以直接觀察金屬零件的斷口、陶瓷材料的斷面、高分子材料的表面等，無需繁瑣的制樣過程，且能夠更好地反映材料在實際使用狀態下的表面情況。
除了能夠提供高分辨率的表面形貌圖像外，飛納掃描電鏡還具備強大的成分分析功能。通過配備不同的探測器，如前述的特征X射線探測器和俄歇電子探測器等，可以在觀察樣品形貌的同時，對樣品中的元素成分進行定性和定量分析。這種將形貌觀察與成分分析相結合的能力，使得掃描電鏡在材料研究、地質分析、文物鑒定等眾多領域具有特殊的優勢。例如，在研究合金材料時，可以同時觀察合金的微觀組織結構以及各相中的元素分布情況，從而深入了解合金的性能與成分及組織結構之間的關系；在分析礦物樣品時，能夠確定礦物的種類以及其中各種元素的含量和分布狀態。
